여러개의 오버레이를 생성 후 제거 문제

http://apis.map.daum.net/web/sample/keywordBasic/
이 예제의 변형입니다.

<div id="map" style="width:100%;height:350px;"></div>
<script>
// 마커를 클릭하면 장소명을 표출할 인포윈도우 입니다
var infowindow = new daum.maps.InfoWindow({zIndex:1});

var mapContainer = document.getElementById('map'), // 지도를 표시할 div 
    mapOption = {
        center: new daum.maps.LatLng(37.566826, 126.9786567), // 지도의 중심좌표
        level: 3 // 지도의 확대 레벨
    };  

// 지도를 생성합니다    
var map = new daum.maps.Map(mapContainer, mapOption); 

// 장소 검색 객체를 생성합니다
var ps = new daum.maps.services.Places(); 

// 키워드로 장소를 검색합니다
ps.keywordSearch('이태원 맛집', placesSearchCB); 

// 키워드 검색 완료 시 호출되는 콜백함수 입니다
function placesSearchCB (data, status, pagination) {
    if (status === daum.maps.services.Status.OK) {

        // 검색된 장소 위치를 기준으로 지도 범위를 재설정하기위해
        // LatLngBounds 객체에 좌표를 추가합니다
        var bounds = new daum.maps.LatLngBounds();

        for (var i=0; i<data.length; i++) {
            displayMarker(data[i]);    
            bounds.extend(new daum.maps.LatLng(data[i].y, data[i].x));
        }       

        // 검색된 장소 위치를 기준으로 지도 범위를 재설정합니다
        map.setBounds(bounds);
    } 
}

// 지도에 마커를 표시하는 함수입니다
function displayMarker(place) {
    
    // 마커를 생성하고 지도에 표시합니다
    var marker = new daum.maps.Marker({
        map: map,
        position: new daum.maps.LatLng(place.y, place.x) 
    });
    var overlay = new daum.maps.CustomOverlay({
        yAnchor: 3,
        position: marker.getPosition()
    });
    
    var content = document.createElement('div');
    content.innerHTML =  place.place_name;
    content.style.cssText = 'background: white; border: 1px solid black';
    
    var closeBtn = document.createElement('button');
    closeBtn.innerHTML = '닫기';
    closeBtn.onclick = function () {
        overlay.setMap(null);
    };
    content.appendChild(closeBtn);
    overlay.setContent(content);

    daum.maps.event.addListener(marker, 'click', function() {
        overlay.setMap(map);
    });
}
</script>

반복문으로는 데이터를 순회하고 그 데이터로 뷰를 만드는 부분은 diaplayMarker()입니다.
displayMarker() 함수를 보시면 커스텀 오버레이의 content와 마커의 생성 및 이벤트 연결하는 방법이 나와 있습니다. 이 부분을 참고하세요.