위 오류는 카카오에서 제공하는 SDK 가 원인이 아닌 유니티 프로젝트 문제로 보입니다.
유니티를 사용해 보지는 않았지만, 유니티에서 gradle 빌드 할 때 Custom Gradle Template 과 같은 방식으로 진행해야 하는것 아닌가요?
Custom Gradle Template 과 같은방식으로 진행해야 하는것이라고 하신게 안드로이드 스튜디오 부분에서 Gradle, setting, AndroidManiFest 설정이면은 그것또한 맞추어서 진행하였습니다
유니티에서 android 빌드 시, 발생한 오류로 유니티에 필요한 설정을 확인해 보셔야 할것 같습니다.
유니티를 사용해 보지 않아서 답변을 드리기 어려운데요 아래 가이드를 참고 부탁드립니다.
Custom Mail Gradle Template 에 설정된 gradle 파일에 카카오 SDK 디펜던시가 선언되어 있는지도 확인해 보시면 좋을것 같습니다.
https://docs.unity3d.com/kr/current/Manual/android-build-settings.html