마커 클러스터와 닫기가 가능한 커스텀 오버레이 동시 사용

먼저 불필요한 로직을 지워주셔야 할 것 같습니다.
원하는 방향이 클러스터러 클릭 시 커스텀 오버레이만 표출하는 거라면
마커 이벤트를 등록하는 부분은 주석 또는 삭제해주세요.

마커의 이벤트 등록하는 로직의 구현이 잘못되어 있습니다.
map 반복문은 [marker, marker, marker, …] 배열을 리턴하고 있는데 그 안에서 함수를 호출하여
마커 이벤트를 등록한다면 등록이 되지 않을 겁니다.

여러 개의 maker를 생성하고 overlay를 등록하는 예제가 있으니
아래 링크 참고하여 로직 확인해주세요.
http://apis.map.kakao.com/web/sample/keywordBasic/

또한 여러 개의 커스텀 오버레이의 닫기 버튼 구현 시 주의할 점도 확인 부탁드립니다.

마지막으로 클러스터러에 클릭 이벤트가 있습니다.
(문서: Kakao 지도 Web API Documentation)
아래와 같이 이벤트를 활용해서 원하는 로직으로 구현해 주세요.

var overlay = new kakao.maps.CustomOverlay({
    content: content,
    yAnchor: 1
});

kakao.maps.event.addListener( clusterer, 'clusterclick', function( cluster ) {
    overlay.setMap(map);
    overlay.setPosition(cluster.getCenter());
});