동적으로 지도 영역을 변경하고 있는 듯 한데
map.relayout() 을 호출하시면 됩니다.
http://apis.map.daum.net/web/sample/mapRelayout/
이 예제를 보시면 이해가 빠르실 겁니다.
디버깅 모드에서 정상적으로 복구 된다는 말씀을 하셨는데
F12를 누르면 하단 혹은 옆쪽으로 개발자도구 창이 뜨면서 자동으로 브라우저가 resize 이벤트를 발생시키게 됩니다.
예제 설명을 보시면 브라우저 resize 이벤트에 대해서는 자동으로 map.relayout()이 호출된다고 적혀있습니다.
이 때문에 정상으로 보이게 되는 것입니다.